如何找上下游通路网络药理学

Ⅰ 如何在多路线路中查找通路

咨询记录 · 回答于2021-10-12

Ⅱ 如何确定某种因子在信号传导通路的上游或下游

确定某种因子在信号传导通路的上游或下游方法：
将两种因子A和B分别做基因沉默，沉默A gene 看看A和B表达的情况，然后沉默B gene 再看看A和B表达的情况。上游的因子被沉默表达后，下游的因子肯定表达下调或不表达。而下游因子被沉默表达后，上游因子的表达不会受影响。还可以做个免疫共沉淀，看看上游因子是不是直接结合（作用）于下游因子的基因启动子区，开启下游表达。如若不是，可能另有其他的环节在中间过程。

Ⅲ 网络药理学可以与哪些技术结合

网络药理学可以跟网络技术相结合，也就是在网络上的一些。软件或者平台都可以跟网络药理学进行相结合。因为在这几年来，网络药理学都是通过网络方法来分析药物，靶点，还有就是和疾病之间的一些相互关系。

所以他具体的话就是可以跟网络的相关技术来进行相结合，也就是说在网络发达的今天，这些都是可以作为药理学研究的一些工具。然后网络分析、网络方法都是其中的一些方法，然后网络药理学就可以跟这些工具进行相结合来研究药理学的这一门学科。

而且中医是一个复杂的化学体系，是需要网络去记录一些东西，然后来进行相关的研究的。所以网络药理学就可以跟以上这些东西去进行相结合，然后开展研究。

Ⅳ 怎样查找某个基因参与通路的上下游基因

pubmed上查文献，一般文章中都会有基因上下游通路，或者与其编码蛋白作用的蛋白。

Ⅳ 网络药理学的介绍

网络药理学是基于系统生物学的理论，对生物系统的网络分析，选取特定信号节点（Nodes）进行多靶点药物分子设计的新学科。网络药理学强调对信号通路的多途径调节，提高药物的治疗效果，降低毒副作用，从而提高新药临床试验的成功率，节省药物的研发费用。

Ⅵ 如何通过分子生物学找下游的信号通路

您的问题太笼统了，代谢通路，信号传导通路等等研究方法完全的不一样；一般先经过生物信息学的方法确定您所研究物种中已经过验证的通路，设计实验思路后，然后再通过测序、转染、蛋白质组等手段验证假设。、

Ⅶ 什么是系统药理学

系统药理学（Systems Pharmacology）是一种学科，它是多学科交叉的产物，包括经典药理学、化学生物学、生物化学和结构生物学、基因组学、病理学，医学以及应用数学、计算机技术、生物信息学等。
系统药理学是多学科交叉的产物，包括经典药理学、化学生物学、生物化学和结构生物学、基因组学、病理学，医学以及应用数学、计算机技术、生物信息学和“－omics”方法，同时涵盖了大量实验学科包括从细胞、组织到器官的研究技术。系统药理学被认为是未来转化医学的核心技术。
1.1 ADME/T评价与药代计量学
药物的吸收（absorption）、分布（distribution）、代谢（metabolism）及排泄（excretion）过程的是药物发现进程中的一个重要进程。药物分子进入机体，首先要克服ADME/T屏障，才可能是活性分子。这些分子和机体内的靶标结合进而产生药效，药物将会在网络水平以及器官整体水平上和机体发生相互作用。因此ADME/T 评价、药物计量学、药代计量学分析是药物早起开发和化学分子成药性的关键内容之一。
1.2 系统打靶和通路关联
发现和阐明活性物质、发现靶标是药物发现研究的核心。然而传统的基于还原论的做法是通过分析化学手段获取化学成分，采用分子生物学和生物化学技术开展实验验证，寻找可能的靶点。当前开展网络靶标预测、药物-靶标关联是多靶标药物发现的新思路。
1.3 网络药理学建模和分析
网络药理学是从系统生物学，特别是从生物网络的角度研究疾病的发生发展过程、认识药物与机体的相互作用并指导新药发现。网络药理学借助高通量组学数据、分子网络数据以及计算机模拟分析，进而从静态和动态角度研究药物的作用机制和促进药物创新。
1.4 多尺度系统整合
从系统水平，揭示药物和生物系统内基因、蛋白质，以及生化网路等各组成之间，在时间次序和空间位置上的相互关系和系统动力学功能。从而在不同层次信息上理解生物系统的复杂生命行为，最终实现在给定条件下对生物系统的干预、改造和修复。

提出背景
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系统药理学或系统药物学（Systems Pharmacology）概念和术语提出于1992年4月在广州召开了首届全国中西医学比较研讨会，大会上曾邦哲（曾杰）提出了系统医药学（systems medicine and pharmacology）的概念和模型 [1] ，采用图论和网络拓扑学方法，阐述了神经、内分泌、免疫与血管系统的机能活动与代谢器官的物质、能量代谢系统稳态模型，以及神经、内分泌与免疫细胞系统与基因、蛋白质、脂类等分子系统的双向调控生命活动与发育的过程。
2008年，2012年，NIH连续举办了第一、二届定量与系统药理学（Quantitative and Systems Pharmacology, QSP） 研讨会。两次会议将学界、产业界与政府机构（包括FDA）中从事药理学、系统生物学的专家们聚集起来讨论未来药物研发的新趋势。会议的核心议题：是否能够通过将系统生物学systems biology与药理学pharmacology进行交叉，融合出一个新的学科---定量与系统药理学（Quantitative and Systems Pharmacology, QSP），从而大大促进发现、开发和临床应用治疗药物的进程？在经过后续一年多的斟酌、讨论和咨询后，终于《定量与系统药理学白皮书》问世：Quantitative and Systems Pharmacology in the Post-genomic Era: New Approaches to Discovering Drugs and Understanding Therapeutic Mechanisms. 该成果标志着Systems Pharmacology新学科的诞生。

Ⅷ kegg如何查找乳酸菌通路

1、首先打开KEGG数据库，你会进入下面这个界面，点击KEGGPATHWAY。
2、红框标识的是PATHWAY的一级分类，蓝框框住的是二级分类。比如第一个Metabolismpathway的二级pathway已经列出来了。如果我想找细胞凋亡相关的通路，是有一个cellularprocess，很明显我们的通路应该在这里。
3、点击cellularprocess，页面迅速的跳到这部分的二级pathway了，这时你可以看到二级通路下面更细化的通路，且确实有我们想要找的信息。以上kegg如何查找乳酸菌通路。

Ⅸ 如何找出某一个通路的所有基因

额，我谈一下个人的看法吧。首先，就已知的数据来讲，可以上数据库直接搜索相关的通路。都会有列出来的。但如果你想发现未知的通路，那就不是一蹴而就的事情了。首先你可以通过大数据分析，比如芯片或转录组测序，推测两个蛋白有关系（正相关还是反相关），然后再通过westerblot，或qPCR进一步验证。之后，还需要用免疫共沉淀，酵母双杂交等确定两者是否有直接的相互作用，还是说是通过microRNA间接作用等等。一条通路的完善，是需要大批研究者的努力，积少成多。

Ⅹ 如何研究信号传导通路请问研究某种受体或蛋白的下游信号传导通路，实验设计的一般方法，都有哪些谢谢

在KEGG或BioCarta这些pathway数据库里找到你感兴趣的通路，在pathway图上找到你感兴趣的蛋白后就能确认它的下游。实验方法大体上就是上调（瞬时表达、mimics）或下调（Knockout、RNAi）你的Gene of Interest，再检测下游的蛋白发生了上调还是下调，看看你的GOI和它们什么联系。