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cytoscape如何做網路關系圖

發布時間:2023-09-16 16:42:12

如何利用cytoscape畫ceRNA互作網路圖

說起互作網路圖,大家都不陌生。看文獻的時候,經常看見相互作用網路圖展示了circRNA-miRNA的靶向關系或者ceRNA競爭性網路關系。我們先來看幾個圖:

CircRNA-miRNA network maps the interaction relationship between circRNAs and miRNAs [1]

miRNA-ceRNA network. Upregulated circRNAs/miRNAs ceRNA network. [2]

網路圖把他們之間的聯系進行可視化的展現,為文章增加了幾分高大上。這些漂亮而又明了的網路圖都是由cytoscape這個神奇的軟體繪制而成。大家不要以為網路圖看著這么復雜,軟體使用也會很復雜,下面就給大家簡單介紹一下,如何使用cytoscape把分析數據變成網路圖。

步驟如下:

第一,安裝****cytoscape****軟體。 軟體安裝比較簡單,這里就不展開贅述了。

第二,把要畫圖的數據進行整理。 假設,我在吉賽生物做了circRNA測序,篩選到了一些表達差異的circRNA分子,想要把要研究的circRNA及其靶向miRNA,挑選出來做網路圖。

我們會拿到2個表格,circRNA-miRNA線屬性(netedges)和點(nodes)屬性的表:

netedges表格示例圖

nodes表格示例圖

第三,先把靶向關系****netedges****表格導入****cytoscape****:

再把設為miRNA源(sourse)節點,circRNA設為靶(target)節點:

然後點擊OK,導入數據,生成初步的網路圖:

接下來,大家就可以對它進行美化了。一般是通過設置點的不同顏色和形狀、大小等來標注circRNA的表達情況,和與哪些miRNA結合。

第四,先把****nodes****表格作為****Table****導入,把各個點的屬性導入:

然後,在Style選項卡設置想要的風格,如把表達上調的circRNA標為紅色,表達下調的標為綠色,miRNA是預測的,用藍色標識;則在Fill Color按照attribute進行調整。或者是可以點選某個點進行調整。

經過一番上色、整形,網路圖就變成了這樣:

這樣的圖看起來也還可以,但是如果想要把圖形風格進行調整,弄得跟開篇的圖一樣的,可以通過Layout選項卡進行改變。

最後得到一個漂亮的circRNA-miRNA網路圖:

上面就給大家簡單介紹了Cytoscape的部分基礎功能,主要通過Edges連接Nodes構成Network,通過導入Table對Network中的Nodes進行注釋,從而得到我們想要的效果。當然miRNA-mRNA網路圖,蛋白-蛋白相互作用網路圖(PPI),也可以通過該軟體進行可視化處理。如果想研究比較熱門的circRNA-miRNA-mRNA 競爭性網路的,也可以把預測到的靶向關系畫成網路圖。再根據ceRNA競爭性網路的原理,miRNA與靶向ceRNA間表達量負相關,以及ceRNA對之間表達量的正相關的關系;結合實驗測到的結果,刪去不符合ceRNA競爭性網路的原理的關系,完善circRNA-miRNA-mRNA網路。

另外,Cytoscape軟體還有一些小插件,可以構建更龐大更明確的網路圖,這個軟體遠遠不止本文中介紹的功能。學海無涯,生信無邊,期待與您一起探索。

參考文獻:

[1] Xingjie Bao , Shuying Zheng , Shuqi Mao , Tianlun Gu , Shike Liu , Jihan Sun , Lina Zhang.A potential risk factor of essential hypertension in case-control study_ Circular RNA hsa_circ_0037911. Biochemical and Biophysical Research Communications, March 2018; DOI:10.1016/j.bbrc.2018.03.059.

[2] CHUN FENG, YUXIAO LI, YAN LIN, XIANBAO CAO, DONGDONG LI, HONGLEI ZHANG and XIAOGUANG HE. CircRNA-associated ceRNA network reveals ErbB and Hippo signaling pathways in hypopharyngeal cancer. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOlecular medicine 43: 127-142, 2019; DOI: 10.3892/ijmm.2018.3942.

② cytoscape怎麼畫三層圖

1.建立「葯物-不良反應」關系表以及「葯物-靶點關系表」
2、建立節點分類表
3、導入「葯物-不良反應」關系表
4、以同樣的方式導入「葯物-靶點」關系網路
5、將兩個網路整合,全選直接復制就可以展現三層圖了

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