① 如何利用cytoscape畫ceRNA互作網路圖
說起互作網路圖，大家都不陌生。看文獻的時候，經常看見相互作用網路圖展示了circRNA-miRNA的靶向關系或者ceRNA競爭性網路關系。我們先來看幾個圖：
CircRNA-miRNA network maps the interaction relationship between circRNAs and miRNAs [1]
miRNA-ceRNA network. Upregulated circRNAs/miRNAs ceRNA network. [2]
網路圖把他們之間的聯系進行可視化的展現，為文章增加了幾分高大上。這些漂亮而又明了的網路圖都是由cytoscape這個神奇的軟體繪制而成。大家不要以為網路圖看著這么復雜，軟體使用也會很復雜，下面就給大家簡單介紹一下，如何使用cytoscape把分析數據變成網路圖。
步驟如下：
第一，安裝****cytoscape****軟體。 軟體安裝比較簡單，這里就不展開贅述了。
第二，把要畫圖的數據進行整理。 假設，我在吉賽生物做了circRNA測序，篩選到了一些表達差異的circRNA分子，想要把要研究的circRNA及其靶向miRNA，挑選出來做網路圖。
我們會拿到2個表格，circRNA-miRNA線屬性（netedges）和點(nodes)屬性的表：
netedges表格示例圖
nodes表格示例圖
第三，先把靶向關系****netedges****表格導入****cytoscape****：
再把設為miRNA源（sourse）節點，circRNA設為靶(target)節點：
然後點擊OK，導入數據，生成初步的網路圖：
接下來，大家就可以對它進行美化了。一般是通過設置點的不同顏色和形狀、大小等來標注circRNA的表達情況，和與哪些miRNA結合。
第四，先把****nodes****表格作為****Table****導入，把各個點的屬性導入：
然後，在Style選項卡設置想要的風格，如把表達上調的circRNA標為紅色，表達下調的標為綠色，miRNA是預測的，用藍色標識；則在Fill Color按照attribute進行調整。或者是可以點選某個點進行調整。
經過一番上色、整形，網路圖就變成了這樣：
這樣的圖看起來也還可以，但是如果想要把圖形風格進行調整，弄得跟開篇的圖一樣的，可以通過Layout選項卡進行改變。
最後得到一個漂亮的circRNA-miRNA網路圖：
上面就給大家簡單介紹了Cytoscape的部分基礎功能，主要通過Edges連接Nodes構成Network，通過導入Table對Network中的Nodes進行注釋，從而得到我們想要的效果。當然miRNA-mRNA網路圖，蛋白-蛋白相互作用網路圖（PPI），也可以通過該軟體進行可視化處理。如果想研究比較熱門的circRNA-miRNA-mRNA 競爭性網路的，也可以把預測到的靶向關系畫成網路圖。再根據ceRNA競爭性網路的原理，miRNA與靶向ceRNA間表達量負相關，以及ceRNA對之間表達量的正相關的關系；結合實驗測到的結果，刪去不符合ceRNA競爭性網路的原理的關系，完善circRNA-miRNA-mRNA網路。
另外，Cytoscape軟體還有一些小插件，可以構建更龐大更明確的網路圖，這個軟體遠遠不止本文中介紹的功能。學海無涯，生信無邊，期待與您一起探索。
參考文獻:
[1] Xingjie Bao , Shuying Zheng , Shuqi Mao , Tianlun Gu , Shike Liu , Jihan Sun , Lina Zhang.A potential risk factor of essential hypertension in case-control study_ Circular RNA hsa_circ_0037911. Biochemical and Biophysical Research Communications, March 2018; DOI：10.1016/j.bbrc.2018.03.059.
[2] CHUN FENG, YUXIAO LI, YAN LIN, XIANBAO CAO, DONGDONG LI, HONGLEI ZHANG and XIAOGUANG HE. CircRNA-associated ceRNA network reveals ErbB and Hippo signaling pathways in hypopharyngeal cancer. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOlecular medicine 43: 127-142, 2019; DOI: 10.3892/ijmm.2018.3942.
② cytoscape怎麼畫三層圖
1.建立「葯物-不良反應」關系表以及「葯物-靶點關系表」
2、建立節點分類表
3、導入「葯物-不良反應」關系表
4、以同樣的方式導入「葯物-靶點」關系網路
5、將兩個網路整合,全選直接復制就可以展現三層圖了